Prof. Dr. Barış BİNAY
Biyomühendislik

Barış BİNAY
Telefon
(262) +90262 605 2080 (OFFICE) +90262 605 2085 (LAB)
E-Posta
binaygtu.edu.tr
Web sayfası
http://gerc.gtu.edu.tr/
Ofis
, Biyomuhendislik, BYM100
Çalışma alanları
Biyoteknoloji, Biyoproses, Rekombinant Protein Üretimi, Enzim Üretimi ve Teknolojileri, Rekombinant DNA Teknolojileri, Hesapsal Enzim Moleküler Modelleme

-Demir, Ğ., Valjakka, J., Turunen, O., Aktaş, F., Binay, B. 2024. "Cloning and expression heterologous alanine dehydrogenase genes: Investigation reductive amination potential of L-alanine dehydrogenases for green synthesis of alanine derivatives", Heliyon, doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e26899.

-Usul, S.K., Binay, B., Soydan, A.M., Aslan, A. 2024. "A newly synthesized magnetic nanoparticle coated with glycidyl methacrylate monomer and 1,2,4-Triazole: Immobilization of α-Amylase from Bacillus licheniformis for more reuse, stability, and activity in the presence of H2O2", Bioorganic Chemistry, 143, 107068.

-Caloglu, B., Lacin, K., Binay, B., Hung, Y. T. 2023. "Microbial Enzymes For Wastewater Treatment"; In The Biotechnology, Agricultural And Food Industries, Ed: Hung, Y-T., Wang, L. K., and Wang, M-S., Springer, 27 (3).

-Laçın, K., Çaloğlu, B., Binay, B. 2023. “Anaerobic digestion methods for the production of fuels”. K. P. Shadangi, P. K. Sarangi, K. Mohanty, I. Deniz, A. R. K. Gollakota (First Edition), Bioenergy Engineering (C. 551). Elsevier.

-Dedeakayoğulları, H., Valjakka, J., Turunen, O., Yilmazer, B., Demir, Ğ., Janis, J., Binay, B. 2023 "Application of reductive amination by heterologously expressed Thermomicrobium roseum L-alanine dehydrogenase to synthesize L-alanine derivatives, Enzyme and Microbial Technology, 169, 110265.

-Çadirci Efeli, B. H., Binay, B., Berliner, L. J. 2023 "Editorial: Introduction to the Special Issue" The Protein Journal, 42:95 .

–Uçar, A., Binay, B., Mallick, B. 2023 “ Editorial: Updates on epigenetic regulation of endocrine disorders with polygenic traits: What is new?" Frontiers in Endocrinology,13:1073226, 5-7.

-Çaloğlu, B., Binay, B. 2023. "Utilization potential of agro-industrial by-products and waste sources: Laccase production in bioreactor with Pichia pastoris". Biochemical Engineering Journal, 193, 108854.

–Tulek, A., Günay, E., Servili, B., Essiz, S., Binay, B., Yıldırım, D., 2023 “Sustainable production of formic acid from CO2 by a novel immobilized mutant formate dehydrogenase”, Separation and Purification Technology, 309,123090.

–Yılmazer Aktar B., Georgakis N., Labrou N., Turunen, O., Binay, B., 2023” Comparative structural and kinetic study for development of a novel candidate L-asparaginase based pharmaceutical” Biochemical Engineering Journal,191, 108806.

–Ergun B.G., Lacin, K., Caloglu, B., Binay, B., 2022 “Second Generation Pichia pastoris Strains and Bioprocess Designs”, Biotechnology for Biofuels and Bioproduct, 15(1), 150.

–Onur, H., Tulek, A., Yıldırım, D., Aslan, E.S., Binay, B., 2022 “ A new highly enantioselective stable epoxide hydrolase from Hypsibius dujardini: Expression in Pichia pastoris and immobilization in ZIF-8 for asymmetric hydrolysis of racemic styrene oxide”, Biochemical Engineering Journal, 189, 108726.

-Uçar, A., Binay, B., Mallick, B. 2022 “Updates on Epigenetic Regulation of Endocrine Disorders with Polygenic Traits: What is New?”, Frontiers in Endocrinology, 16648714.

-Kaptan Usul, S., Binay, B., Soydan, A. M. , Yüzüak, O., Aslan, A., 2022 “Immobilization of the Bacillus licheniformis α-Amylase on Azole Functionalized Nanoparticle: More Active, Stable, and Usability”. Protein Journal ,41(6), 671-680 .

-Inam A., Taymaz E.R., Uslu M.E., Binay B., Deniz I. 2021. “Volumetric Mass Transfer Coefficient Measurement in a Stirred Tank Reactor”. Bioreactors in Stem Cell Biology. Methods in Molecular Biology, 2nd Ed, Ed: Turksen, K., Ottawa, Humana Press.

-Ergün, B. G., Berrious, J., Binay, B., Fickers, P. 2021. "Recombinant protein production in Pichia pastoris: From transcriptionally redesigned strains to bioprocess optimization and metabolic modelling". FEMS Yeast Research, 21(7), foab057.

-Karataş, E., Tulek, A., Yıldırım, D., Tamturk, F., Binay, B. 2021."Immobilization of Sporothrix schenckii 1099-18 exo-polygalacturonase in magnetic mesoporous silica yolk-shell spheres: Highly reusable biocatalysts for apple juice clarification", Food Bioscience, 43, 101321.

-Binay, B., 2021 “Editorial – II. International Enzyme and Bioprocess Days”, Biocatalysis and Biotransformation, 39(4), 241

-Alpdagdas, S., Turunen, O., Valjakka, J., Binay, B. 2021. "The challenges of using NAD+-dependent formate dehydrogenases for CO2 conversion", Critical Reviews in Biotechnology, 42(7):1-20.

-Unlu, A., Duman, Z.E., Caloglu, B., Binay, B., 2021. “Enzymes for Efficient CO2 Conversion” The Protein Journal, 40, 489-503..

-Binay, B., 2021 “Introduction to International Enzyme and Bioprocess Days (EBDays)” The Protein Journal, 40(3), 341.

-Ar, E., Demiroglu, A., Yılmaz, M.S., Yılmazer,B. Sibel Aslan, E., Binay, B. 2021. “Enhancing recombinant Chaetomium thermophilium Formate Dehydrogenase Expression with CRISPR Technology” The Protein Journal 40, 504-511.

-Duman-Ozdamar, Z.E., Binay, B. 2021. "Production of Industrial Enzymes via Pichia pastoris as a Cell Factory in Bioreactor: Current Status and Future Aspects". The Protein Journal, 40(3), 367-376.

-Alkan-Tas, B., Durmus-Sayar, A.,Duman, Z.E.,Sevinis-Ozbulut, E.B., Unlu, A., Binay, B., Unal, S., Unal, H. 2021. "Antibacterial hybrid coatings from halloysite-immobilized lysostaphin and waterborne polyurethanes" Progress in Organic Coatings, 156 , 106248.

-Tulek, A., Yıldırım, D., Aydın, D., Binay, B. 2021 . “Highly-stable Madurella mycetomatis laccase immobilized in silica-coated ZIF-8 nanocomposites for environmentally friendly cotton bleaching process” Colloids and Surfaces B: Biointerfaces, 202, 111672.

- Hebal, H., Boucherba, N., Binay, B., Turunen, O. 2021. " Activity and stability of hyperthermostable cellulases and xylanases in organic liquids", Biocatalysis and Biotransformation,39(4), 242-259.

- Duman-Özdamar, Z.E., Ünlü, A., Ünal H., Woodley, J.M., Binay, B. 2021. "High-Yield Production of Active Recombinant S. simulans Lysostaphin Expressed in E. coli in a Laboratory Bioreactor'' Protein Expression and Purification, 177, 105753.

- Karataş, E., Tülek, A., Çakar, M. M., Tamtürk, F., Aktaş, F., Binay, B. 2021. "From secretion in Pichia Pastoris to application in apple juice processing: Exopolygalacturonase from Sporothrix schenckii 1099-18" Protein Peptide Letters, 28(7), 817-830.

- Yılmazer B., Isupova M.N., De Rose S.A., Bulut H., Benninghoff J.C., Binay B., Littlechild J.A. 2020. "Structural insights into the NAD+-dependent formate dehydrogenase mechanism revealed from the NADH complex and the formate NAD+ ternary complex of the Chaetomium thermophilum enzyme" Structural Biology, 212(3),107657 .

- Tülek, A., Karataş, E., Çakar, M. M., Aydın, D., Yılmazcan, Ö, Binay, B. 2020. "Optimisation of the Production and Bleaching Process for a New Laccase from Madurella mycetomatis, Expressed in Pichia pastoris: from Secretion to Yielding Prominent Performance" Molecular Biotechnology, 63(1), 24-39.

-Bulut, H., Valjakka, J., Yuksel, B., Yilmazer, B., Turunen, O., Binay, B. 2020. ''Effect of Metal Ions on the Activity of Ten NAD+-Dependent Formate Dehydrogenases'' The Protein Journal, 39(5), 519-530.

- Bulut, H., Yuksel, B., Gul, M., Eren, M., Karatas, E., Kara, N., Yilmazer, B., Kocyigit, A., Labrou, N. E., Binay, B. 2020. "Conserved Amino acid Residues that Affect Structural Stability of Candida boidinii Formate Dehydrogenase" Applied Biochem and Biotech, 193(2),363-376.

- Çakar, M.M., Ruupunen, J., Mangas-Sanchez, J., Birmingham, W.R., Yildirim, D., Turunen, O., Turner, N.J., Valjakka, J., Binay, B. 2020. “Engineered Formate Dehydrogenase from Chaetomium thermophilum, a Promising Enzymatic Solution for Biotechnical CO2 Fixation” Biotechnology Letters, 42(11), 2251-2262.

- Babavatan, E.Ö., Yildirim, D., Peksel, A., Binay, B. 2020. “Immobilization of Rhizomucor miehei lipase onto Montmorillonite K-10 and polyvinyl alcohol gel” Biocatalysis and Biotransformation, 38(4), 274-282.

-Duman, Z.D., Duraksoy, B.B., Aktas, F., Woodley, J.M., Binay, B. 2020. “High-level heterologous expression of active Chaetomium thermophilum FDH in Pichia pastoris” Enzyme and Microbial Technology, 137, 109552.

- Alpdağdaş, S., Binay, B. 2020. "NADP+ dependent formate dehydrogenase: A Review" Biocatalysis and Biotransformation, 39(4), 260-268.

- Koçdemir K., Şen F., Wadejo Y.A., Bilgici M.Ç., Bayram M., Selçuk İ., Yılmazer B., Çakar M.M., Aslan E.S., Binay B. 2020. "Investigation new positions for catalytic activity of Chaetomium thermophilum and Ceriporiopsis subvermispora Formate Dehydrogenases" Biocatalysis and Biotransformation, 39(4), 302-312.

- Duman, Z.E., Unlu, A., Cakar, M.M., Unal, H. Binay, B. 2019. "Enhanced production of recombinant Staphylococcus simulans lysostaphin using medium engineering" Preperative Biochemistry and Biotechnology, 49(5), 521-28.

- Esen, H., Alpdagtas, S., Cakar, M.M., Binay, B. 2019. "Tailoring of recombinant FDH: effect of histidine tag location on solubility and catalytic properties of Chateomium thermophilum formate dehydrogenase (CtFDH)", Preperative Biochemistry and Biotechnology, 49(5), 529-34.

- Pala, U., Yelmazer, B., Corbacioglu, M., Ruupunen, J., Valjakka, J., Turunen, O., Binay, B. 2018. "Functional effects of active site mutations in NAD+ -dependent formate dehydrogenases on transformation of hydrogen carbonate to formate", Protein Engineering, Design and Selection, 31(9), 327-35.

- Alpdağtaş, S., Çelik, A., Ertan, F., Binay, B. 2018. “DMSO tolerant NAD(P)H recycler enzyme from a pathogenic bacterium, Burkholderia dolosa PC543: effect of N-/C-terminal His Tag extension on protein solubility and activity", Engineering in Life Sciences, 18(12), 893-903.

- Alpdağtaş, S., Yücel, S., Kapkaç, H. A., Liu, S., Binay, B. 2018. “Discovery of an acidic, thermostable and highly NADP+ dependent formate dehydrogenase from Lactobacillus buchneri NRRL B-30929”, Biotechnology Letters, 40(7), 1135-47.

- Çakar M. M., Mangas-Sanchez J., Birmingham W. R., Turner N. J., Binay B. 2018. “Discovery of a new metal and NAD+-dependent formate dehydrogenase from Clostridium ljungdahlii”, Preparative Biochemistry and Biotechnology, 48(4), 327-334.

- Altaş, N., Aşkın, A. S., Karataş, E., Chronopoulou, E., Labrou, N. E., Binay, B. 2017. "Heterologous production of extreme alkaline thermostable NAD+-dependent formate dehydrogenase with wide-range pH activity from Myceliophthora thermophila", Process Biochemistry, 61, 110- 118.

- Aslan, S.A., Valjakka, J., Ruupunen, J., Yildirim, D., Turner, N. J., Turunen, O., Binay, B. 2017. "Chaetomium thermophilum formate dehydrogenase has high activity in the reduction of hydrogen carbonate (HCO3-) to formate", Protein Eng. Des. Select., 30, 47-55.

- Alagöz, D., Çelik, A., Yildirim, D., Tükel, S.S., Binay B. 2016. “Covalent immobilization of Candida methylica formate dehydrogenase on short spacer arm aldehyde group containing supports”, Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 130, 40-47.

- Yu, T., Wang, Y., Anbarasan, S., Telli, K., Aslan, A., Su, Z., Zhou, Y., Zhang, L., Iivonen, P., Havukainen, S., Mentunen, T., Hummel, M., Sixta, H., Binay, B., Turunen, O., Xiong, H. 2016. “Expression of a hyperthermostable Thermotoga maritima Xylanase XYN10B in Pichia pastoris and its stability and tolerance to ionic liquids”, Extremophiles, 20, 515-524.

- Albuquerque, T. L.de, Rueda, N., dos Santos, J. C.S., Barbosa, O., Ortiz, C., Binay, B., Özdemir, E., Gonçalves, L. R. B., Fernandez-Lafuente, R. 2016. “Easy stabilization of interfacially activated lipases using heterofunctıonal divinylsulfone activated-octyl agarose beads. Modulation of the immobilized enzymes by altering their nanoenvironment”, Process Biochemistry, 160(51), 865-874.

- Aslan, S.A., Birmingham, W.R., Karagüler, N.G., Turner, N.J., Binay, B. 2016. “Semirational design of Geobacillus stearothermophilus lactate dehydrogenase to access various chiral α-hydroxy acids”, Applied Biochem and Biotech., 179, 474-484.

- Rowles, I., Groenendaal, B., Binay, B., Malone, K.J., Willies, S.C., Turner, N.J. 2016. "Engineering of Phenylalanine Ammonia Lyase from Rhodotorula graminis for the Synthesis of Unnatural L-Amino Acids", Tetrahedron, 72, 7343-7347.

- Alagoz, D., Binay, B., Yildirim, D., Celik, A., Tukel, S. S., 2016. “Improving of stability of formate dehydrogenase from Candida methylica by immobilization onto Eupergit C 250 L”, Biotekhnologiya, 32, 37-42.

- Binay, B., Alagöz, D., Yildirim, Y., Çelik, A., Tükel, S.S. 2016. “Highly stable and reusable immobilized formate dehydrogenases: Promising biocatalysts in situ regeneration of NADH”, Beilstein Journal of Organic Chemistry, 12, 271-277.

- Özgün, G., Karagüler, N.G., Turunen, O., Turner, N.J., Binay, B. 2015. "Characterization of a new acidic NAD+-dependent formate dehydrogenase from thermophilic fungus Chaetomium thermophilum", Journal of Molecular Catalysis B: Enzymatic, 122, 212-217.

- Binay, B., Sessions, R. B., Gül-Karagüler, N. 2013. “A double mutant of highly prufied Geobacillus stearothermophilus LDH recognizes mandelic acid as a subsbstrate”. Enzyme and Microbial Technology, 52, 393-399.

- Binay, B., Shoemark, D.K., Sessions, R.B., Clarke, A.R., Karaguler, N.G. 2009. “Increasing the substrate specificity of the lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by DNA shuffling”, Biochemical Engineering Journal, 48, 118-123.

- Karagüler, N.G., Binay, B., Ordu, E.B., Clarke, A.R. 2007. “Protein engineering applications of industrially exploitable enzymes: Geobacillus stearothermophilus LDH and Candida methylica FDH”, Biochem. Soc. Trans., 35, 1610-1615.

- Binay, B., Karagüler, N.G. 2007. “Attempting to remove the substrate inhibition of L-lactate dehydrogenase from Bacillus stearothermophilus by site-directed mutagenesis”, Appl. Biochem. Biotechnol., 141, 265-272.

-Atacan Erdem, Yüksek Lisans, Gebze Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Devam ediyor.

-Berkcan Şenel, Yüksek Lisans, Gebze Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Devam ediyor.

-Uğur Pala, Doktora Tezi Danışmanı, Gebze Teknik Üniversitesi, Biyokimya Bölümü, Devam ediyor.

-Kübra Laçın, Doktora Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Bölümü, Devam ediyor.

-Ğarip Demir, Doktora Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Devam ediyor.

-Berin Yelmazer, Doktora, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Devam Ediyor.

-Hatice Betül Kuzudişli,Yüksek Lisans, Gebze Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Devam ediyor.

- Buse Çaloğlu,Yüksek Lisans, Gebze Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Devam ediyor.

-Hakan Onur, Yüksek Lisans, Gebze Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Devam ediyor.

- Yasin Adem Wedajo, Doktora Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Kimya Bölümü, Bitti.

- Ahmet Tülek, Doktora Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Bitti.

-Ersin Karataş, Doktora Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Bitti.

-Elif Günay, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Bitti.

-İlke Selçuk, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Bitti.

- Zeynep Efsun Duman, Yüksek Lisans, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Bitti.

- Ece Sönmez, Doktora Tezi, Eş Danışman, Yıldız Teknik Üniversitesi, Kimya Bölümü, Bitti.

- Hacer Esen, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Kimya Mühendisliği, Bitti.

- Huri Bulut, Doktora Tezi, Eş Danışman, Bezm-i Alem Vakıf Üniversitesi, Tıp Fakültesi Biyokimya Bölümü, Bitti.

- Mustafa Bayram, Yüksek Lisans, Gebze Teknik Üniversitesi, Biyoteknoloji Enstitüsü, Bitti.

- Burak B. Duraksoy, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Kimya Bölümü, Bitti.

- Saadet Alpdağdaş, Doktora, Eş Danışman, Yıldız Teknik Üniversitesi, Biyomühendislik Bölümü, Bitti

- Berin Yelmazer, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Bitti.

-M. Mervan Çakar, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü, Bitti.

- Meltem Çorbacıoğlu, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Kimya Bölümü, Bitti.

- Uğur Pala, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Kimya Bölümü, Bitti.

- M. Mervan Çakar, Yüksek Lisans Tezi, Danışman, Gebze Teknik Üniversitesi, Kimya Bölümü, Bitti.

  • Doktora: - PhD., 2013 Molecular Bio.- Genetics and Biotechnology, İstanbul Technical University, Turkey.

    - 2010/1 Year-Manchester University, United Kingdom.
  • Yüksek lisans: - MSc., Molecular Bio.- Genetics and Biotechnology, İstanbul Technical University, Turkey.

    - 2005/3 Months-Bristol University, United Kingdom.
  • Lisans: -BSc. 2002, Chemistry, Ankara University, Ankara, Turkey.
-TÜSEB 2022-B-02 / B Grubu-22383-Gaucher Hastalığının Enzim Replasman Tedavisi için Rekombinant İnsan β-glukoserebrosidaz enziminin Pichia pastoris protein ifade sisteminde yüksek verimde üretimi-2023-2025
-TÜBİTAK COST-120Z711-Akut Lenfoblastik Lösemi Terapisi İçin Daha Etkin L- Asparajinaz Enzimi: Tasarım İn vitro Uygulama ve Yüksek Miktarda Üretim-2021-2024
-TÜBİTAK 1001-120Z501-İndirgeyici Aminasyon Aktivitesi Arttırılmış, İmmobilize, Mutant L-Alanin Dehidrogenazlar Kullanılarak Alpha-Keto Asitlerden Yapay Aminoasitlerin Tek Basamakta Eldesi-2021-2024
-TÜBİTAK 1002-119Z155-Alanin Tarama Mutagenez Tekniği ile Chaetomium thermophilum FDH (CtFDH) Enziminin CO2 İndirgenmesinde Fonksiyonel Amino Asit Pozisyonlarının Belirlenmesi-2019-2020
-TÜBİTAK 3501-214Z064-Endüstriyel Biyokatalitik Proseslerde Asimetrik Sentezlerde NAD(P)H'nin Sürekli Yenilenmesini Sağlamak İçin Isıya Dayanıklı NAD(P)+ Bağımlı Format Dehidrogenazın Chaetomium thermophilum'dan İzole Edilmesi ve Karakterizasyonu-2015-2018
-TÜBİTAK COST-214Z292-Format Dehidrogenaz Enzimlere Ait Aktif Bölgenin Çok Boyutlu Mutasyonel Analizi ile Karbondioksitten (CO2) Yenilenebilir Enerjinin Üretimi-2015-2018
-TÜBİTAK 3001-213S099-Bacillus Stearothermophillus Laktat Dehidrogenazın (Bsldh), Endüstriyel Öneme Sahip Kiral Alfa-Hidroksi Asitlerin Asimetrik Sentezi Için, Tekrarlamalı Doygunluk Mutagenez (Ism) Metoduna Dayalı Tasarlanması-2014-2016
Size daha iyi hizmet verebilmek için sitemizde çerezlere yer veriyoruz. Çerezlerle ilgili detaylı bilgi için çerez politikamıza göz atabilirsiniz. Detaylı bilgi için tıklayınız. Kabul ediyorum