Laboratuvar İsmi

Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Laboratuvarı

www.systemsbiology.info.tr

Arş. Gör. Gülben Avşar (Doktora öğrencisi)
M. Jafar Khatibipour (Doktora öğrencisi)
Arş. Gör. Emrah Özcan (Doktora öğrencisi)
Arş. Gör. Şükrü Öztürk (Doktora öğrencisi)
Arş. Gör. Ecehan ABDİK (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Arş. Gör. Müberra Fatma Cesur (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Hamza Umut Karakurt (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Ali Kaynar (Yüksek Lisans Öğrencisi)
Furkan Kurtoğlu (Yüksek Lisans Öğrencisi)
İsa Yüksel (Yüksek Lisans Öğrencisi)  

• Nörodejeneratif hastalıklar
• Kanser (küçük-hücreli dışı akciğer kanseri, beyin tümörleri)
• Kök hücre
• Enfeksiyon hastalıkları

üzerinde yoğunlaşarak bu hastalıkların modellenmesinde genom ölçekli verilerle (genom, transkriptom) genom ölçekli moleküler etkileşim ağlarının (metabolik ağlar, protein etkileşim ağları) birlikte hesaplamalı analizini içermektedir.

Optimizasyon:  Hücre metabolizmasını oluşturan yapının doğrusal programlama, karesel programlama, karışık tam sayılı doğrusal programlama, genetik algoritma gibi optimizasyon yöntemleri ile incelenmesi

İstatistik: biyolojik verilerin istatistiksel testler yardımıyla incelenmesi ve yorumlanması

Veri Madenciliği:  genom boyutlu verilerin (transkriptom, proteom, metabolom, akı dağılımı)  kümeleme, ana bileşenler analizi gibi yöntemlerle analizi

Matematiksel Modelleme: Hücre metabolizmasına ait matematiksel modellerin geliştirilmesi 

Yürütülmekte olan projeler:

1. TÜBİTAK, Ardeb 1001 (2017-2020), ‘Uyarılmış Kök Hücrelerin Oluşum ve Başkalaşım Süreçlerinin Sistem Biyolojisi ve Biyomühendislik Yaklaşımlarıyla Modellenerek Geliştirilmesi,  300.000 TL

2. TÜBİTAK, Ardeb 1003 (2017-2020), “Parkinson Hastalığı için Transkriptom verilerinin ve Hücre içi Ağyapıların Biyoinformatik Analizi: İlaç Hedefi ve İlaç Geliştirilmesi”, 765.000 TL

3. TÜBİTAK Bideb 2232 (2016-2018), ‘Eubacterium limosum soylarının metabolik ağlarının ve karbon asimilasyonu yol izlerinin oluşturulması yoluyla biyoyakıt üretimine yeni nesil çözümlerin geliştirilmesi: Sistem biyolojisi yaklaşımı’, 27.500 TL

4. TÜBİTAK, Ardeb 1002 (2016), “Omik Verilerinden Hücresel Ağyapıların Çıkarımı için Yeni Bir Hesaplamalı Yöntemin Geliştirilerek İyileştirilmesi ve Kök hücrelere uygulanması”, 29.470 TL

5. TÜBİTAK, Ardeb 3501 (2011-2013), “Hücrenin Metabolik Davranışlarının Ardında Yatan Biyolojik Amacın 'Aşağıdan-Yukarı' Ve 'Yukarıdan-Aşağı' Sistem Biyolojisi Yaklaşımlarıyla Bütünleşik Incelenmesi: Insan Ve Mikroorganizma Metabolizmalarına Uygulamaları”,  110.000 TL

6. GTÜ, BAP, (2015-2017), “Beyin metabolizmasının karakterizasyonu için genom-ölçekli yeni bir metabolik model geliştirilmesi ve beyin tümörlerine uygulamaları”, 4.800 TL

7. GTÜ, BAP, (2011-2013), “Nörolojik Hastalıkların Beyin Metabolizmasına Etkisinin Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Yaklaşımıyla İncelenmesi”, 7.500 TL