Gebze Teknik Üniversitesi

Enzim Moleküler Genetiği Laboratuvarı

Laboratuvar İsmi	Enzim Moleküler Genetiği Laboratuvarı
Laboratuvar Sorumlusu	Yrd. Doç. Dr. Saliha İşsever Öztürk
İlgili Bölüm	Moleküler Biyoloji ve Genetik
Telefon	605 25 14 / 605 25 40
Adres	Gebze Teknik Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü C-2 Blok No: 105 41400 Çayırova, Kocaeli
Laboratuvar Çalışanları	Nagihan Akbulut (PhD öğrencisi) Özlem Akkaya (PhD öğrencisi) Hüseyin Balcı (PhD öğrencisi) Ş. Serda Kayman (PhD öğrencisi) Merve Tuzlakoğlu Öztürk (PhD öğrencisi) Irmak Şah (PhD öğrencisi) Fulya Dursun (MSc öğrencisi) Gamze Tanrıverdi (MSc öğrencisi) Levent Temel (MSc öğrencisi)
Genel Bilgi	Enzimlerin ve ürünlerinin çeşitli endüstriyel alanlarda kullanımlarının giderek yaygınlaştığı günümüzde, daha yüksek aktiviteye sahip ve daha dayanıklı enzimler için talep artarak sürmektedir. Bu bağlamda, grup çalışmaları endüstriyel enzimlere odaklanmış olup, laboratuvarda endüstriyel enzim üreticisi yerel bakteriyel izolatlar ve referans bakteri soyları ile çalışılmaktadır. Bu kapsamda; moleküler biyoteknolojik yaklaşımlarla endüstriyel enzim üreticisi yerel izolatlar veya referans soylardan hareketle rekombinant soylar elde edilmekte ve istenilen özelliklere sahip varyantlar geliştirilmektedir. Toprağın sahip olduğu biyoçeşitliliği, kültüre alma zorunluluğu olmaksızın ulaşılabilir kılması nedeniyle dünyada giderek yaygınlaşan bir uygulama alanı olan metagenomik yaklaşımı, toprak örneğinde bulunan tüm metagenomun klonlanmasına izin verdiğinden, bu yöntemle elde edilecek metagenomik DNA kütüphanelerinin işlevsel tarama yöntemleri aracılığıyla taranması sonucunda yeni / gelişmiş özelliklere sahip enzimlerin belirlenmesi olasıdır. Bu nedenle, işlevsel metagenomik yaklaşımı laboratuvarda, istenilen özelliklere sahip enzimlerin elde edilmesi amacıyla uygulanan bir diğer çalışma alanını oluşturmaktadır. Bu çalışmalarla ülkemizdeki mikrobiyal çeşitliliğe sahip çıkmanın ve enzim bilimine katkıda bulunmanın yanı sıra, ilgili sanayi kuruluşları ile iş birliği içinde endüstriyel enzim üretimi hedeflenmektedir.
Yapılan Uygulamalar	1. Endüstriyel enzim üreticisi bakteriyel soyların yerel ekosistemlerden enzimatik aktivitelerine göre taranarak seçilmesi 2. Bakterilerin moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi (16S rDNA dizi analizi, 16S ve rrn ARDRA, Ribotiplendirme, AFLP, % G+C analizi, ISR, ITSR, kantitatif DNA hibridizasyonu) 3. Enzim genlerinin klonlanması, dizilenmesi ve ekspresyonu 4. Model sistemler olarak kullanılmak üzere referans soylardan rekombinant enzimlerin geliştirilmesi 5. Enzimlerin referans / rekombinant bakteriyel soylardan saflaştırılmaları ve biyokimyasal olarak nitelendirilmeleri 6. Yönlendirilmiş evrim /akılcı tasarım yöntemleriyle gelişmiş özelliklere sahip veya daha üretken yeni rekombinant soyların geliştirilmesi 7. İşlevsel metagenomik yaklaşımı kullanılarak toprak / su örneklerinden yeni / gelişmiş özelliklere sahip enzimlerin elde edilmesi
Cihazların listesi	1. Termal Döngü Cihazı 2. Gerçek Zamanlı PCR Cihazı 3. Otomatik DNA Dizi Analiz Cihazı 4. Mikroplaka Okuyucu 5. Protein Saflaştırma Sistemi 6. Çoklu Fermentör Sistemi 7. Agaroz ve Poliakrilamit Jel Elektroforez Sistemleri 8. Görüntüleme Sistemi 9. Soğutmalı Yer İnkübatörü 10. Spektrofotometre 11. Sonikatör 12. Santrifüj 13. Hibritleme Fırını 14. -sayıcısı