Prof. Dr. Fatih Erdoğan SEVİLGEN
Computer Engineering

Fatih Erdoğan SEVİLGEN
Phone
+90 (262) 605 22 10
Email
sevilgengtu.edu.tr
Web page
http://gtu.edu.tr
Office
Block A2, 206
Areas of interest
• Parallel and Distributed Computing • Distributed Simulation • Heuristic Optimization • Bioinformatics • Particle Based System Simulation
Detailed CV
Ozgecmis-2021 Ocak.pdf

A. Uluslararası Dergilerde Yayımlanan Makaleler

A1. Esmaeil Nourani, Farshad Khunjush, F. Erdoğan Sevilgen, Virus–human protein–protein interaction prediction using Bayesian matrix factorization and projection techniques, Biocybernetics and Biomedical Engineering, 38:3 (2018) 574-585. DOI:
A2. Guthke R, Gerber S, Conrad T, Vlaic S, Durmuş S, Çakır T, Sevilgen FE, Shelest E and Linde J, Data-based Reconstruction of Gene Regulatory Networks of Fungal Pathogens, Frontiers in Microbiology 7:570 (2016) . DOI: 10.3389/fmicb.2016.00570
A3. Burak Isikli, Fatih Erdogan Sevilgen, Mustafa Kirac, Link and Annotation Prediction Using Topology and Feature Structure in Large Scale Social Networks, Communications in Computer and Information Science 424 (2014), 238-249. DOI: 10.1007/978-3-319-06932-6_23. Presented at 10th International Conference on Beyond Databases, Architectures and Structures (BDAS), Ustron, POLAND (2014).
A4. Saliha Durmuş Tekir, Tunahan Çakır, Emre Ardıç, İlknur Karadeniz, Arzucan Özgür, F. Erdoğan Sevilgen, and Kutlu Ö. Ülgen. PHISTO: A New Web Platform for Pathogen-Human Interactions, Lecture Notes in Computer Science, 8130 (2013) 268-269. Presented at The 11th International Conference on Computational Methods in Systems Biology: CMSB, Klosterneuburg, Austria (2013).
A5. Saliha Durmuş Tekir, Tunahan Çakır, Emre Ardıç, Ali Semih Sayılırbaş, Gökhan Konuk, Mithat Konuk, Hasret Sarıyer, Azat Uğurlu, İlknur Karadeniz, Arzucan Özgür, F. Erdoğan Sevilgen, and Kutlu Ö. Ülgen, PHISTO: Pathogen-Host Interaction Search Tool, Bioinformatics, 29:10 (2013) 1357-1358. DOI:10.1093/bioinformatics/btt137
A6. Zülal Sevkli and F. Erdoğan Sevilgen, Discrete Particle Swarm Optimization for the Team Orienteering Problem, Turkish Journal of Electrical Engineering & Computer Sciences, 20:2, (2012) 231-239. DOI:10.3906/elk-1101-1008. Presented at International Symposium on Innovations in Intelligent Systems and Applications: INISTA, Kayseri, (2010).
A7. Zülal Sevkli and F. Erdoğan Sevilgen, StPSO: Strengthened Particle Swarm Optimization, Turkish Journal of Electrical Engineering & Computer Sciences, 18:6, (2010) 1095-1114. DOI:10.3906/elk-0909-18
A8. İlyas Kandemir and F. Erdoğan Sevilgen, Molecular Dynamics Simulation of Helium-Argon Gas Mixture under Various Wall Conditions, Molecular Simulation, 34:8, (2008) 795-808. DOI: 10.1080/08927020802275785
A9. Zülal Sevkli and F. Erdoğan Sevilgen, A Hybrid Particle Swarm Optimization Algorithm for Function Optimization, Lecture Notes in Computer Science, 4974 (2008) 585-595. DOI: 10.1007/978-3-540-78761-7_64. Presented at First European Workshop on Bio-inspired algorithms for continuous parameter optimization (EvoNUM) in EvoWorkshops 2008, Napoli, Italy (2008).
A10. Zülal Sevkli and F. Erdoğan Sevilgen, Variable Neighborhood Search for the Orienteering Problem, Lecture Notes in Computer Science, 4263 (2006) 134-143. DOI: 10.1007/11902140_16. Presented at The 21st International Symposium on Computer and Information Sciences: ISCIS, Istanbul (2006).
A11. Fatih E. Sevilgen, Srinivas Aluru and Natsuhiko Futamura, Parallel algorithms for tree accumulations, Journal of Parallel and Distributed Computing, 65:1 (2005) 85-93. DOI: 10.1016/j.jpdc.2004.09.001
A12. Fatih E. Sevilgen and Srinivas Aluru, Efficient Methods for Database Storage and Retrieval Using Space-filling Curves, Lecture Notes in Computer Science, 3280 (2004) 503-512. DOI: 10.1007/978-3-540-30182-0_51. Presented at The 19th International Symposium on Computer and Information Sciences: ISCIS, Kemer, Antalya (2004).
A13. Srinivas Aluru and Fatih E. Sevilgen, Dynamic Compressed Hyperoctrees with Application to the N-body Problem, Lecture Notes in Computer Science, 1738 (1999) 21-33. DOI: 10.1007/3-540-46691-6_2. Presented at Foundations of Software Technology and Theoretical Computer Science (FSTTCS’99) Chennai, India (1999).
A14. S. Aluru, G.M. Prabhu, J. Gustafson, and F.E. Sevilgen, Distribution-Independent Hierarchical Algorithms for the N-body Problem, Journal of Supercomputing, 12:4 (1998) 303-323. DOI:10.1023/A:1008047806690

B. Uluslararası Hakemli Toplantılarda Sunulan ve Bildiri Kitabında Yayımlanan Bildiriler

B1. E. Nourani, F. Khunjush, and F. E. Sevilgen, “Multi Task Learning for Pathogen-Host protein-protein interaction prediction,” in 13th International Conference on Computational Intelligence and Biostatistics (CIBB2016), Scotland, UK, (1- 3 Eylül 2016).
B2. E, Ardıç, S. Karakoç, İ. Karadeniz, A. Özgür, K. Ö. Ülgen, E. Nikerel, F. E. Sevilgen, T. Çakır, S. Durmuş Tekir ‘PHISTO: A Web-based Platform For Studying Infection Mechanisms through Pathogen-Human Interactions’, 3rd International Congress of the Molecular Biology Association of Turkey (MolBioKon2014), İzmir, Türkiye (10-12 Eylül, 2014)
B3. Hakan Gümüş and F. Erdoğan Sevilgen, Refining K-means Algorithm by Detecting Superfluous and Oversized Clusters, International Conference on Machine Learning and Data Analysis ( ICMLDA 2012), San Francisco, USA, (2012).
B4. S. Durmuş Tekir, T. Çakır, A.S. Sayılırbaş, E. Çelik, S. Özcan, İ. Çevik, A.S. Özçelik, A. Özgür, F.E. Sevilgen, K.Ö. Ülgen, PHISTO: Pathogen-Host Interactions Search Tool, 15th European Conference on Biotechnology (ECB 12), Istanbul, Türkiye (23-26 September, 2012).
B5. Umut Demirtaş and F. Erdoğan Sevilgen, Parallel EDMD Simulation for Multi-Core Architectures, Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS 2011) Dallas, USA, (2011).
B6. Zülal Sevkli and F. Erdoğan Sevilgen, Discrete Particle Swarm Optimization for the Orienteering Problem, IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC 2010), Barcelona, Espain (2010).
B7. Emrah Kaya and F. Erdoğan Sevilgen, A Fully Distributed Data Collection Method for HLA based Distributed Simulations, Summer Computer Simulation Conference (SCSC'09) in International Simulation Multi-conference (ISMc'09), İstanbul, Türkiye (2009).
B8. Onur Detanoğlu and F. Erdoğan Sevilgen, Hydrodynamic Based Hybrid Dynamic Load Balancing, 23rd International Symposium on Computer and Information Sciences, ISCIS '08, İstanbul, Türkiye (2008).
B9. Ömer Eroğlu, H.Ali Mantar and Fatih Erdoğan Sevilgen, Quadtree-Based Approach to Data Distribution Management for Distributed Simulations, Military Modeling & Simulation Symposium (MMS) in Spring Simulation Multiconference (SpringSim'08), Ottowa, Canada (2008).
B10. İnanç Tahralı, Tolga Baştürk, F. Erdoğan Sevilgen, Theoretical and Experimental Analysis of MSES and Kshemkalyani-Singhal Algorithms under Distributed Simulation Environment, Military Modeling & Simulation Symposium (MMS) in Spring Simulation Multiconference (SpringSim'08), Ottowa, Canada (2008).
B11. Onur Detanoğlu and F. Erdoğan Sevilgen, Randomized Hydrodynamic Load Balancing Approach, First International Workshop on Simulation and Modelling in Emergent Computational Systems (SMECS-2008) in The 2008 International Conference On Parallel Processing (ICPP-08), Portland, Oregon, USA (2008).
B12. Tolga Baştürk, F. Erdoğan Sevilgen, İnanç Tahralı, A New Approach For Fast Causal Message Ordering With Central Control, 2008 Spring Simulation Interoperability Workshop (SIW), Providence, Rhode Island (2008).
B13. Zülal Sevkli and F. Erdoğan Sevilgen, Particle Swarm Optimization for the Orienteering Problem, International Symposium on Innovations in Intelligent Systems and Applications: INISTA, İstanbul (2007).
B14. Tolga Basturk, Yasir Kurtulus Avcibasi, Onur Destanoglu, Omer Eroglu, Hurcan Gokce Solter, F. Erdogan Sevilgen, Isa Tasdelen, Oguz Dikenelli, Federate Management Infrastructure In HLA Based Distributed Simulations, 2007 Fall Simulation Interoperability Workshop, 07F-SIW, Orlando, FL, (2007).
B15. Ersin Ünsal ve F. Erdoğan Sevilgen, BEMGA: A HLA Based Simulation Modeling and Development Tool, International Conference on Systems, Computing Sciences and Software Engineering: SCSS (2006).
B16. İbrahim Soğukpınar, F. Erdoğan Sevilgen, Mehmet Göktürk, İnanç Tahralı and Mustafa Coşkun, An Interface Architecture For Simulation Integration Using HLA, International Conference on Informatics: ICI, Çeşme, İzmir (2004).
B17. Fatih E. Sevilgen and Srinivas Aluru, A Provably Optimal, Distribution-Independent Parallel Fast Multipole Method, IEEE International Parallel & Distributed Processing Symposium (IPDPS’00), Cancun, Mexico (2000) 77.
B18. Fatih E. Sevilgen and Srinivas Aluru, A Unifying Data Structure for Hierarchical Methods, ACM/IEEE Conference on Supercomputing (SC’99), Portland, Oregon (1999).
B19. Fatih E. Sevilgen, Srinivas Aluru and Natsuhiko Futamura, Distributed Memory Tree Accumulations, International Conference on Parallel and Distributed Computing Systems (PDCS’99), Fort Lauderdale, Florida (1999).
B20. Srinivas Aluru and Fatih E. Sevilgen, Parallel Domain Decomposition and Load Balancing Using Space-Filling Curves, IEEE Conference on High Performance Computing (HiPC’97), Calcutta, India (1997).
B21. Kıvanç Dinçer, Haluk R. Topçuoğlu, Fatih E. Sevilgen, Paul C. Coddington, and Sanjay Ranka, Parallel Simulation of Dynamically Triangulated Random Surfaces, IASTED Eighth International Conference on Parallel and Distributed Computing and Systems (PDCS’96), Chicago, Illinois, USA (1996).

C. Uluslararası Toplantılarda Sunulan Bildiriler

C1. V.R. Akkaya, İ. Kandemir, F.E. Sevilgen, Meta-heuristic Optimization of Regenerative Rankine Cycles with Multiple Open Feed Water Heaters, ICEM 2014 International Conference on Energy and Management, Istanbul, Turkey, (5-7 June 2014), Poster Presentation.
C2. S. Durmuş Tekir, T. Çakır, A. S. Sayılırbaş, E. Ardıç, İ. Karadeniz, A. Özgür, F.E. Sevilgen, K.Ö. Ülgen, PHISTO: A New Web Platform for Pathogen - Human Interactions, 2nd International Workshop on Systems Biology of Microbial Infection (SBMI 2013), Jena, Germany (19-20 September, 2013), Poster Presentation.
C3. Fatih Sevilgen, Srinivas Aluru and Natsuhiko Futamura, A Provably Optimal Distribution Independent Parallel N-body Method, SIAM Annual Meeting (1999).

D. Ulusal Dergilerde Yayımlanan Makaleler

D1. Orkun Akile, Erdoğan Sevilgen, Nokta Etiketi Yerleştirme Problemi için Hızlı Sezgisel Eniyileme Yöntemleri, Akıllı Sistemler ve Uygulamaları Dergisi, 2 (2018), 162-167. Akıllı Sistemlerde Yenilikler ve Uygulamaları Konferansı (ASYU-2017), Alanya, (5-7 Ekim 2017).
D2. Fatih Erdoğan Sevilgen, Dağıtık Benzetim Sistemleri, Savunma Sanayi Gündemi Dergisi, 2010/1 Sayı 11, (2010), 46-50. ISSN 1307-8380.

E. Ulusal Hakemli Toplantılarda Sunulan ve Bildiri Kitabında Yayımlanan Bildiriler

E1. Mehmet Burak Koca and Fatih Erdoğan Sevilgen, A Novel Approach for Subgraph Isomorphism Problem on Bipartite Graphs, 27th Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU 2019), Sivas, (24-26 Nisan 2019)
E2. Onur Destanoğlu, Esra Çelik, F.Erdoğan Sevilgen ve A.Gökhan Yavuz, Bulut Platformunda Konteyner Üzerinde Çalışan Mikroservislerin Enerji Etkin Çizelgelenmesi, Ulusal Yüksek Başarımlı Hesaplama Konferansı (BAŞARIM 2017), İstanbul, (14-15 Eylül 2017).
E3. M Bakir and FE Sevilgen, High performance online key performance indicator's calculations in oil refineries, Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU 2015), Malatya, (16-19 Mayıs 2015).
E4. S Karahan and FE Sevilgen, CUDA implementation of the pixel based adaptive segmentation algorithm, Signal Processing and Communications Applications Conference (SIU 2015), Malatya, (16-19 Mayıs 2015).
E5. S. Durmuş Tekir, T. Çakır, A.S. Sayılırbaş, E. Çelik, S. Özcan, İ. Çevik, A.S. Özçelik, A. Özgür, F.E. Sevilgen, K.Ö. Ülgen, PHISTO: Pathogen-Host Interactions Search Tool, 17. Ulusal Biyoteknoloji Kongresi, Istanbul (23-26 Eylül, 2012)
E6. S. Durmuş, T. Çakır, A.S. Sayılırbaş, E. Çelik, S. Özcan, İ. Çevik, A.S. Özçelik, A. Özgür, F.E. Sevilgen, K.Ö. Ülgen, PHISTO: Patojen-İnsan Protein Etkileşimleri Veritabanı, 10. Ulusal Kimya Mühendisliği Kongresi (UKMK-10), Istanbul (3-6 Eylül, 2012)
E7. Hayri Tolga Çubukçuoğlu ve Fatih Erdoğan Sevilgen, Eş Olmayan Paralel Makine Çizelgelemesi Problemine VNS ve RVNS Yaklaşımı, Akıllı Sistemlerde Yenilikler ve Uygulamaları Sempozyumu (ASYU), Trabzon (2012).
E8. Salih Cebeci ve Fatih Erdoğan Sevilgen, Maksimum Klik Problemi için Yeni Bir Hibrid Evrimsel Algoritma, Akıllı Sistemlerde Yenilikler ve Uygulamaları Sempozyumu (ASYU), Trabzon (2012).
E9. Hayri Tolga Çubukçuoğlu ve Fatih Erdoğan Sevilgen, Cilk++ Platformunda N-Cisim Benzetimi, II. Ulusal Yüksek Başarımlı ve Grid Hesaplama Konferansı (Başarım10), İstanbul, (2010).
E10. Burak İnner ve F. Erdoğan Sevilgen, Sıkıştırılmış Sekizli Ağaç ve Sekizli Ağaç Veriyapı ile Hiyerarşik Ağaç Temelli Algoritmaların Gerçekleştirilmesi ve Karşılaştırılması, I. Ulusal Yüksek Başarım ve Grid Konferansı (Başarım09), Ankara, (2009).
E11. İnanç Tahralı ve F. Erdoğan Sevilgen, Dağıtık Benzetim Sistemlerinde TENA Mimarisinin Kullanımı, Savunma Teknolojileri Kongresi (SAVTEK’08) Ankara (2008).
E12. Münibe Şimşek Yıldırım ve Fatih Erdoğan Sevilgen, 3DRS Blok Karşılaştırma Algoritmasında Farklı Tarama Teknikleri ile Performans Arttırımı, Elektrik-Elektronik-Bilgisayar Mühendisliği 12. Ulusal Kongresi, Eskişehir, (2007).
E13. Bilge Esra Soran ve F. Erdoğan Sevilgen, Hücre Yapısının, Çok Hücreli, Olay Temelli, Molekül Dinamiği Simülasyonuna Etkisi, Elektrik-Elektronik-Bilgisayar Mühendisliği 12. Ulusal Kongresi, Eskişehir, (2007).
E14. Ali Tozan, F. Erdoğan Sevilgen ve Onur İnce, Sensör Yerleştirme Probleminin Parçacık Sürü Optimizasyonu ile Çözümü, Elektrik-Elektronik-Bilgisayar Mühendisliği 12. Ulusal Kongresi, Eskişehir, (2007).
E15. Tolga Baştürk, Yasir Kurtuluş Avcıbaşı, Onur Destanoğlu, Ömer Eroğlu, Hürcan Gökçe Solter, F. Erdoğan Sevilgen, İsa Taşdelen ve Oğuz Dikenelli, HLA Tabanlı Dağıtık Simülasyonlarda Federe Yönetim Altyapısı, Ulusal Savunma Uygulamaları Modelleme ve Simülasyon Konferansı (USMOS’07), Ankara (2007).
E16. Ramazan Cengiz ve F. Erdoğan Sevilgen, Dağıtık Benzetim Sistemleri İçin Performans Analizi Yönteminin Geliştirilmesi, Ulusal Savunma Uygulamaları Modelleme ve Simülasyon Konferansı (USMOS’07), Ankara (2007).
E17. Ersin Ünsal ve F. Erdoğan Sevilgen, Yüksek Seviyeli Mimari İçin Modelleme Ve Uygulama Geliştirme Aracı, Savunma Teknolojileri Kongresi (SAVTEK’06), Ankara (2006).
E18. Burak İnner ve F.Erdoğan Sevilgen, N-Cisim Algoritmalarının Performans Karşılaştırılması, Elektrik - Elektronik ve Bilgisayar Mühendisliği Sempozyumu (ELECO’2004), Bursa, (2004).
E19. İbrahim Soğukpınar, F. Erdoğan Sevilgen, Mehmet Göktürk, İnanç Tahralı ve Mustafa Coşkun, Taktik Analiz Modelleme ve Benzetimi, Havacılıkta İleri Teknolojiler ve Uygulamaları Sempozyumu (HITEK’2004), Hava Harp Okulu, Yeşilyurt, İstanbul (2004).
E20. F.Koray Atsan ve F.Erdoğan Sevilgen, ELIAC – Güvenli LDAP Erişimi için Özgün Bir Protokol Tasarımı, TBD 20. Bilişim Kurultayı, Taksim, İstanbul (2003).
E21. Kemal Yılmaz ve F.Erdoğan Sevilgen, Dağıtık Web Önbellek Sunucusu Tasarımı Ve Gerçeklenmesi, Elektrik, Elektronik, Bilgisayar Mühendisliği 10. Ulusal Kongresi, İstanbul (2003).
E22. F.Koray Atsan ve F.Erdoğan Sevilgen, ELIAC - A Custom Protocol Design for Secure LDAP Access, 9. "Türkiye'de İnternet" Konferansı, İstanbul (2003).

F. Ulusal Toplantılarda Sunulan Bildiriler

F1. Onur Detanoğlu and F. Erdoğan Sevilgen, Normal Mod Yönteminin Dağıtık Ortamda Paralel Olarak Çalıştırılması, 8. Ulusal Akustik Kongresi, Antalya (2008).

G. Kitaplar

G1. F. Erdoğan Sevilgen ve Hasan Sadıkoğlu (Editörler), "Yüksek Performanslı Bilişim", 1. Ulusal YPBS 2002 Sempozyum Kitapcığı, GYTE Matbaası, Gebze, Türkiye, 2002.

H. Teknik Raporlar

H1. Fatih E. Sevilgen, Srinivas Aluru and Natsuhiko Futamura, A Provably Efficient, Distribution-Independent Parallel Fast Multipole Method, Technical Report, NMSU-CSTR-9901, 1999.

I. Diğer Sunumlar

İ1. Introduction to Parallel and Distributed Simulations, Bielska Wyższa Szkoła im. J. Tyszkiewicza, Polonya, Erasmus Değişim Programı, Mayıs 2009.
İ2. Particle Swarm Optimization with Applications to TSP Variations, Anadolu Üniversitesi, Kasım 2006.
İ3. Introduction to Parallel Computing, EPITA : Ecole d'Ingénieurs en Informatique, Fransa, Erasmus Değişim Programı, Haziran 2006.
İ4. A New Dynamic Hierarchical Data Structure: Distribution-Independent Adaptive Tree, Yeditepe Universitesi, Istanbul, 14 Haziran 2001.


Yönetilen Doktora Tezleri:

1. Aişe Zülal Şevkli, En Fazla Kazanç Sağlayan Rota Bulma Probleminin Sezgisel Yöntemlerle İncelenmesi, 2010.
2. Mustafa Bakır, Büyük Veri Üzerinde Veri Doğrulama ve Uzlaştırma, (devam ediyor).

Yönetilen Yüksek Lisans Tezleri:

1. F.Koray Atsan, LDAP Erişiminde Kullanılan Güvenlik Protokolleri ve Özgün Bir Güvenlik Protokol (ELIAC) Tasarımı, 2003.
2. Kemal Yılmaz, Dağıtık Web Önbellek Mimarileri, 2003.
3. Burak İnner, N-Cisim Algoritmalarının Performans Karşılaştırması ve Veri Yapılarının İncelenmesi, 2004.
4. Ersin Ünsal, Yüksek Seviyeli Mimari Uyumlu Benzetim Modelleme Ve Uygulama Geliştirme Aracı, 2006.
5. Ramazan Cengiz, Dağıtık Benzetim Altyapıları İçin Performans Analiz Sistemi, 2007.
6. Bilge Soran, Hücre Yapısının Çok Hücreli Olay Temelli Molekül Dinamiği Simülasyonlarındaki Etkisi, 2007.
7. Ali Tozan, Sensör Yerleştirme Probleminin Genetik Algorima Ve Parçacık Sürü Optimizasyonu İle Çözümü, 2007.
8. Münibe Şimşek, Abdominal MR Görüntülerinde Hareket Tahmini, 2007.
9. Tolga Baştürk, Dağıtık Sistemlerde Nedensel Sıralı Mesaj Dağıtım Algoritmaları Ve Yeni Bir Yaklaşım, 2008
10. Onur Destanoğlu, Paralel Algoritmalar için Dinamik Yük Dengeleyici Tasarımı ve Uygulamaları, 2008
11. Ömer Eroğlu, Dağıtık Simülasyonlarda Veri Dağıtım Yönetimi ve Yeni Bir Yaklaşım, 2008, İkinci danışman
12. Emrah Kaya, HLA Tabanlı Dağıtık Benzetimler İçin Tam Dağıtık Kayıt ve Yeniden Oynatma Mimarisi, 2009.
13. Umut Demirtaş, Çok çekirdekli işlemciler için moleküler dinamik simülasyonu, 2011.
14. Salih Cebeci, Altküme bulma tabanlı ayrık optimizasyon problemleri için ayrık parçacık sürü optimizasyonu modelleri, 2012.
15. Burak Işıklı, Sosyal Ağlarda Etkileşim Örüntüleri Kullanılarak Bağlantı Tahmini, 2014
16. Mehmet Emin Paça, Havaalanlarında Yerdeki Uçak Trafiğinin Optimizasyonu, (devam ediyor).
17. Orkun Akile, Dinamik Nokta Özellikli Nesnelerin Etiketlenmesi, 2019.
18. Mehmet Burak Koca, İki Parçalı Çizgelerde Etkin Alt-Çizge Araması, 2020.



Yönetilen Lisans Bitirme Çalışmaları:

1. Volkan Altuntaş, Lineer Diferansiyel Denklem Sistemlerinin Çözümü İçin Tasarlanmış Paralel Algoritmaların Karşılaştırılması, 2005
2. Özgür Keleş, Parçacık Sürü Optimizasyon Kütüphanesi, 2007.
3. Hakan Gedek, Olay Tabanlı Moleküler Dinamik Simülasyonlarında Kullanılan Olay Kuyruklarının Karşılaştırılması, 2008.
4. Hamide Betül Hasgür, Çok Hücreli Olay Temelli Moleküler Dinamik Simülasyonlarında Farklı Hücre ve Duvar Yapıları, 2009.
5. Derviş Kanbur, Ekran Görüntüsü Kayıt Ve Oynatılması, 2009.
6. Rüya Genç, Gezgin Satıcı ve Oryantiring Problemleri İçin Karınca Kolonisi Optimizasyonu, 2009.
7. Şamil Karahan, Olay Temelli Molekül Dinamiği Simülasyonunda Görselleştirme, 2010
8. Yasin Geçer, Konuşma Engelliler İçin İletişim Sistemi, 2010
9. Yasin Yıldırım, Görüntülü Kampus Navigasyon Sistemi, 2010
10. Ömer Faruk Özdemir, Parçacıkların Sürü Optimizasyonu ve Paralelleştirilmesi, 2011
11. Osman Demir, Sonlu Otomatların Simülasyonu, 2011
12. Erdi Kanık, Bitki Tanıma Sistemi, 2011
13. İrem Çevik, İnsan – Patojen Etkileşiminde Motif Analizi, 2012
14. Ebru Çelik, SVM Algoritması kullanılarak Biyoloji Literatüründen İnsan-Patojen Etkileşimlerinin Çıkarılması, 2012
15. Seldağ Özcan, İnsan Patojen Etkileşim Verilerinin Sorgulanması ve Görselleştirilmesi, 2012
16. Emine Çakmak, Meta-Sezgisel Yöntemler Kullanarak 2 Boyutlu Kutu Paketleme (2D Packing) Problemi için Çözüm Geliştirilmesi, 2012
17. Sevgi Öztürk, Randevu Alarm Uygulaması, 2013.
18. Furkan Yavuz, 2D Convex Polygon Packing Problem Solving, 2013.
19. İlkay Yılmaz, Kullanılabilirlik Testi Ve Veri Yönetim Sistemi, 2013.
20. Sevgi Öztürk, Genel Dikkat Yeteneğinin Tespiti, 2013.
21. Azat Uğurlu, 3 Boyutlu Stok Kesme Problemi, 2013.
22. Emre Ardıç, Biyobilişsel PHI Analiz Araçları, 2013.
23. Gülcan Çiçek, Ödev Kontrol Sistemi, 2014.
24. Nilüfer Ceylan, Davranış Tabanlı Kalabalık Simülasyonu, 2014.
25. Selahattin Furkan Karahan, Beyin Metabolizmasına Ait Yeni Bir Biyomolekül Etkileşim Ağının Oluşturulması, 2015
26. Ömer Faruk Büyükşar, Madde Tepki Kuramı Tabanlı Sınav Sorularının Zorluk Dereceleri Ve Öğrenci Yetenek Düzeyi Hesaplanması, 2015
27. Tuncer Oğuzhan Odabaşı, Lokasyon Tabanlı Sosyal Ağ, 2015
28. Erdem Bingöl, Bilimsel Makalelerin Biyomolekül Etkileşim Bilgisi İçerip İçermediğinin Tespiti, 2015
29. Selahattin Furkan Karahan, Beyin Metabolizmasına Ait Yeni bir Biyomolekil Etkileşim Ağının Aluşturulması, 2016.
30. Ömer Faruk Büyükşar, Madde Tepki Kuramı Tabanlı Sınav Sorularının Zorluk Dereceleri ve Öğrenci Yetenek Düzeyinin Hesaplanması, 2016
31. Tuncer Oğuzhan Odabaşı, Lokasyon Tabanlı Sosyal Ağ, 2016.
32. Halil İbrahim Oymacı, Biyoinformatik Analizler için Görsel Altyapının Hazırlanması, 2017.
33. Buse Güner, Veri Madenciliği Yöntemlerinin Dağıtık Olarak Çalışabileceği Ortamın Geliştirilmesi, 2017
34. Ali İslam Ekşi, Makine Öğrenmesi Yöntemleri ile Literatürden Protein-Protein Etkileşimi Çıkarımı, 2017.
35. Eyüp Aydın, Makine Öğrenmesi Yöntemleriyle Protein İsimlerinin Belirlenmesi, 2017.
36. Şeydanur Ekinci, Gemi Üretim Bandı Optimizasyonu, 2018.
37. Buse Güner, Takım Yolu Optimizasyonu, 2018.
38. Hatice Kübra Teloğlu, Promosyon Atama Optimizasyonu, 2018.
39. Adem Çakmak, Derin Öğrenme ile Veri Uzlaştırma, 2018.
40. Bekircan Ağaoğlu, Blok-zincir Tabanlı Seçim Sistemi, 2018.
41. Emre Bayram, Hiper-Parametre¬ Optimizasyonu, 2018.

  • Third Cycle (Doctoral):
    2000 Syracuse Üniversitesi Bilgisayar Bilimleri
  • Second Cycle (Master's):
    1996 Syracuse Üniversitesi Bilgisayar Bilimleri
    1993 Boğaziçi Üniversitesi Sistem ve Kontrol Müh.
  • First Cycle (Undergraduate):
    1990 Boğaziçi Üniversitesi Bilgisayar Müh.
Research Projects:

1. Developing personalized molecular interaction models for Alzheimer's disease using RNA-seq data and elucidating disease mechanisms, TÜBİTAK 1001, Consultant (2020-2022)
2. Composition Based Octane Estimation Project, TÜPRAŞ, Executive, 523,500 TL, (11/2020 - 4/2023)
3. Deep Transfer Learning Based Pathogen-Host Protein-Protein Interaction Prediction, 119N632, TÜBİTAK-MSRT Bilateral Cooperation Program, 74.175.-TL, Consultant (10 / 2020-1 / 2022)
4. Improving the Diagnostic Accuracy of Genetic Diseases with Artificial Intelligence Based RNA-Seq Analysis, TÜBİTAK-TEYDEB 1507, Researcher, 396,200 TL, (09 / 2020,1 / 2022)
5. Microbial Biomarker Determination from Metagenome Data for Colon Cancer Early Diagnosis and Screening System and Microbial Gene Targeted Treatment Approach, TÜSEB Strategic Research and Development Projects Support Program, 491,900 TL, Executive, (4 / 2020-4 / 2022)
6. Adding RNA-seq Data Analysis Modules to PHI-Seq Bioinformatics Analysis Platform, KOSGEB R&D Innovation Support Program, 717.700 TL, Assistant Researcher, (4 / 2018-3/2020)
7. Improving the Efficiency of Refinery Production Processes with Big Data Analytics, TÜBİTAK TEYDEB 1501, No :, TL, Consultant, (11/2017, 10/2019)
8. Name of the Project Molecular Modeling of Heavy Oil and Development of Breakdown Reaction Simulation Software, TÜBİTAK TEYDEB 1501, No :, TL, Consultant, (11/2017, 02/2020)
9. Development of a National Decision Support System Providing Optimization and Simulation of Production Processes in Shipyards (TÜSOS), TÜBİTAK TEYDEB 1501, No: 3160522, 1.158.989,46 TL, Consultant, (10/2017, 10/2019)
10. High Performance Data Mining for Big Data Suggestion Systems, TÜBİTAK TEYDEB 1501, No: 3160522, 1.158.989,46 TL, Consultant, (11/2017, 10/2018)
11. Bioinformatic Analysis of Transcriptome Data and Intracellular Networks for Parkinson's Disease: Drug Target and Drug Development, TÜBİTAK-ARDEB 1002, 315S302, 885.086TL, Researcher, (7/2016 - 6/2019)
12. Development and Improvement of a New Computational Method for Extraction of Cellular Networks from Ohmic Data and its Application to Stem Cells, TÜBİTAK-ARDEB 1002, No: 215M201, 29.583 TL, Researcher, (1/2016 - 6/2017)
13. Development of a new genome-scale metabolic model for the characterization of brain metabolism and its applications to brain tumors, GTU-BAP, No: 9,685 TL, Researcher (7/2015 - 6/2017)
14. Resource Planning and Routing for Green Networks, TÜBİTAK-ARDEB 3501, No: 113E567, 224.460 TL, Assistant Researcher, (4/2014 - 4/2017)
15. Pathogen-Host Interactions Web Platform and Development of Related Bioinformatics Services, TÜBİTAK TEYDEB 1507, No: 7150822, 473.920 TL, Researcher, (7/2015, 1/2017)
16. Target Meter: Fast, Complete and Adaptive Learning, TÜBİTAK TEYDEB 1507, No: 7150052, 499.661 TL, Consultant, (7 / 2015-10 / 2016)
17. Modeling of Coking Unit Reaction Paths at Molecular Level, TÜPRAŞ, Consultant, (3 / 2016-10 / 2016)
18. Pathogen-Host Protein-Protein Interactions Prediction Using Machine Learning Techniques, TÜBİTAK 2216, No: 1059B161500942, 24.750TL, Consultant, (12/2015 - 9/2016)
19. Development of Optimum Movement Decision Mechanism for Products Based on Demand Forecast Data Between Locations, TÜBİTAK TEYDEB 1501, No: 3140717, Consultant, (9 / 2014-4 / 2016)
20. Pathogen-Human Protein Interactions Web Platform, KOSGEB R&D Innovation Support Program, 148.000 TL, Assistant Researcher, (1/2014 - 6/2015)
21. Pathogen-Human Protein Interactions Web Platform, TÜBİTAK TEYDEB 1512, No: 2130216, 100.000 TL, Assistant Researcher, (1/2014 - 1/2015)
22. Disaster Environment Monitoring and Analysis System Using UAV, TÜBİTAK BİLGEM, 210.000 TL, Assistant Researcher, (4 / 2013-4 / 2014)
23. Development of Measurement and Evaluation System Software Based on Personal Mind Maps within the Framework of Bloom's Taxonomies, TÜBİTAK TEYDEB 1507, No: 7120787, 422.877 TL, Consultant, (10 / 2012-12 / 2013)
24. Thermal Power Plant Performance Monitoring and Evaluation System Design and Application (PERİDSİS), TÜBİTAK-ARDEB 1007, No: 110G092, Consultant, (3/2011 - 9/2013)
25. State Hydraulic Works Water Database (DSİ-SVT), TUBİTAK-ARDEB 1007, No: 106G001, Researcher, 612.404 TL, (2/2006 - 8/2008)
26. Quick Creation and Updating of N-Object Trees, GYTE-BAP, No: 2005-A-04, Project Manager, (6/2005 - 12/2006)
27.Distributed War Simulation Systems, SPO, Assistant Researcher, (2002 - 2003)
28. Application of Fast Spherical Filter in Parallel Computer Environment, GYTE-BAP, No: 00-B-03-04-08, 25.000 TL, Assistant Researcher (2001 - 2002)
Size daha iyi hizmet verebilmek için sitemizde çerezlere yer veriyoruz. Çerezlerle ilgili detaylı bilgi için çerez politikamıza göz atabilirsiniz. Detaylı bilgi için tıklayınız. Kabul ediyorum