Biyomühendislik

Yrd. Doç. Dr. Tunahan ÇAKIR
Biyomühendislik

Tunahan ÇAKIR
Telefon
(262) 605 33 20
E-Posta
tcakir [at] gtu.edu.tr
Web sayfası
http://www.systemsbiology.info.tr
Ofis
, 146
Çalışma alanları
Biyoinformatik, Hesaplamalı Sistem Biyolojisi, Veri Analizi Teknikleri, Patojen-Konak etkileşimleri, Sistem Tıbbı
Detaylı özgeçmiş
Detaylı CV-2017.pdf

  1. Reconstructed metabolic network models predict flux-level metabolic reprogramming of glioblastoma, Emrah Özcan, Tunahan Çakır ,Frontiers in Neuroscience, 10:156, 2016.
  2. Data-based reconstruction of gene regulatory networks of fungal pathogens, Reinhard Guthke, Silvia Gerber, Theresia Conrad, Sebastian Vlaic, Saliha Durmuş, Tunahan Çakır, Erdoğan Sevilgen, Ekaterina Shelest, Joerg Linde ,Frontiers in Microbiology, 7:570, 2016.
  3. Editorial: Computational Systems Biology of Pathogen-Host Interactions, Saliha Durmuş, Tunahan Çakır, Reinhard Guthke, Frontiers in Microbiology, 5, 14563, 2016.
  4. Reporter pathway analysis from transcriptome data: Metabolite-centric versus Reaction-centric approach, Tunahan Çakır ,Scientific Reports, 5, 14563, 2015.
  5. A Review on Computational Systems Biology of Pathogen-Host Interactions, Saliha Durmuş, Tunahan Çakır, Arzucan Özgür, Reinhard Guthke, Frontiers in Microbiology , 6, 235, 2015.
  6. Metabolic network discovery by top-down and bottom-up approaches and paths for reconciliation, Tunahan Çakır, M. Jafar Khatibipour, Frontiers in Bioengineering and Biotechnology , 2, 62, 2014.
  7. Biyolojik Ağların Modellenmesi, Tunahan Çakır, Emrah Nikerel Biyomedikal Mühendisliğinin Temelleri , Nobel Kitap, 2014.
  8. The role of flexibility and optimality in the prediction of Intracellular Fluxes of microbial cell metabolism, Fatih Tarlak, Hasan Sadıkoğlu, Tunahan Çakır, Molecular Biosystems , 10, 2459-2465, 2014.
  9. Systematic Analysis of Transcription-Level Effects of Neurodegenerative Diseases on Human Brain Metabolism by a Newly Reconstructed Brain-Specific Metabolic Network, Mustafa Sertbaş, Kutlu Ö. Ülgen, Tunahan Çakır, FEBS Open Bio, 4, 542-553, 2014.
  10. Sparsity as Cellular Objective to Infer Directed Metabolic Networks from Steady-State Metabolome Data: A Theoretical Analysis, Melik Öksüz, Hasan Sadıkoğlu, Tunahan Çakır, PLoS ONE, 8(12), e84505, 2013.
  11. PHISTO: pathogen–host interaction search tool, Saliha Durmuş Tekir, Tunahan Çakır, Emre Ardıç, Ali Semih Sayılırbaş, Gökhan Konuk, Mithat Konuk, Hasret Sarıyer, Azat Uğurlu, İlknur Karadeniz, Arzucan Özgür, Fatih Erdoğan Sevilgen, Kutlu Ülgen, Bioinformatics, 29, 1357-1358, 2013. Atıf: 12
  12. Infection Strategies of Bacterial and Viral Pathogens through Pathogen–Human Protein–Protein Interactions, Saliha Durmuş Tekir, Tunahan Çakır, Kutlu Ülgen, Frontiers in Microbiology, 3, 46, 2012. Atıf: 19
  13. Metabolic network discovery through reverse engineering of metabolome data, Tunahan Çakır, Margriet Hendriks, Johan Westerhuis, Age Smilde, Metabolomics, 5, 318-329, 2009. Atıf: 20
  14. Effect of carbon source perturbations on transcriptional regulation of metabolic fluxes in Saccharomyces cerevisiae, Tunahan Çakır, Z.İlsen Önsan, Betül Kırdar, Kutlu Ülgen, Jens Nielsen, BMC Systems Biology, 1:18, 2007. Atıf:24
  15. Flux balance analysis of a genome-scale yeast model constrained by exometabolomic data allows metabolic system identification of genetically different strains, Tunahan Çakır, Çağrı Efe, Duygu Dikicioğlu, Amable Hortaçsu, Betül Kırdar, Stephen G. Oliver, Biotechnology Progress, 23, 320-326, 2007. Atıf: 16
  16. Reconstruction and flux analysis of coupling between metabolic pathways of astrocytes and neurons: application to cerebral hypoxia, Tunahan Çakır, Selma Alsan, Hale Saybaşılı, Ata Akın, Kutlu Ülgen, Theoretical Biology and Medical Modelling, 4:48, 2007. Atıf: 21
  17. Integration of metabolome data with metabolic networks reveals reporter reactions, Tunahan Çakır, Kiran R. Patil, Z. İlsen Önsan, Kutlu Ülgen, Betül Kırdar, Jens Nielsen, Molecular Systems Biology, 2:50, 2006, Atıf: 86
  18. Analysis of enzymopathies in the human red blood cells by constraint based stoichiometric modeling approaches, Saliha Durmuş, Tunahan Çakır, Kutlu Ülgen, Computational Biology and Chemistry, 30, 327-338, 2006.
  19. Modelling of calcium dynamics in brain energy metabolism and Alzheimer's disease, Senem Tiveci, Tunahan Çakır, Ata Akın, Hale Saybaşılı, Kutlu Ülgen, Computational Biology and Chemistry, 29, 151-162, 2005.
  20. Metabolic pathway analysis of yeast strengthens the bridge between transcriptomics and metabolic networks, Tunahan Çakır, Betül Kırdar, Kutlu Ülgen, Biotechnology and Bioengineering, 86, 251-260, 2004. Atıf: 41
  21. Metabolic pathway analysis of enzyme-deficient human red blood cells, Tunahan Çakır, Serhan Tacer, Kutlu Ülgen, Biosystems, 78, 49-67, 2004. Atıf: 24
  22. Flux analysis of the recombinant Saccharomyces cerevisiae YPB-G utilizing starch for optimum ethanol production, Tunahan Çakır, Kazım Yalçın Arga, M. Mete Altıntaş, Kutlu Ülgen, Process Biochemistry, 39, 2097-2108, 2004. Atıf:13
  23. Transfer function approach in structured modeling of recombinant yeast utilizing starch, K. Yalçın Arga, Tunahan Çakır, Pınar Pir, Nevra Özer, M. Mete Altıntaş, Kutlu Ülgen, Process Biochemistry, 39, 1237-1248, 2004.

YÜRÜTÜLMEKTE OLAN DOKTORA TEZLERİ

  1. Hücresel Ağların Omiks verileri işlenerek Optimizasyon Tabanlı Yöntemlerle Ortaya Çıkarılması. M. Jafar Khatibipour (Ocak 2014- )
  2. Mikrobiyel Toplulukların Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Yaklaşımıyla İncelenmesi. Emrah Özcan (Ocak 2014- ) Ortak Danışman: Prof. Dr. Ebru Toksoy Öner

TAMAMLANMIŞ YÜKSEK LİSANS TEZLERİ

  1. Nörolojik Hastalıkların Beyin Metabolizmasına Etkisinin Hesaplamalı Sistem Biyolojisi Yaklaşımıyla İncelenmesi. Mustafa Sertbaş (Temmuz 2013) Ortak Danışman: Prof. Dr. Kutlu Ülgen
  2. Ağyapı Çıkarımı Tekniklerinin Metabolom Verilerine Uygulanarak Hücrenin Biyolojik Amacının İncelenmesi. Melik Öksüz (Eylül 2012) Ortak Danışman: Doç. Dr. Hasan Sadıkoğlu
  3. Metabolik Akı Analizi Teknikleri Kullanılarak Hücrenin Biyolojik Amacının İncelenmesi. Fatih Tarlak (Ocak 2012) Ortak Danışman: Doç. Dr. Hasan Sadıkoğlu
  • Doktora: Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 2006
  • Yüksek lisans: Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 2002
  • Lisans: Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği Bölümü, 2001